1995-ben járunk. Ezekben a nehéz időkben a nukleáris fegyverek leszerelése csak egy szép álom,és az atomháborutól való félelem egyre nőtt.Dél-Afriában,pontosabban 200 km-el északra Salzbourg-tól,egy zsoldosokból álló csoport felépitett egy erőditményt,melynek neve OUTER HEAVEN.A pletykák szerint ennek a csoportnak a birtokában van egy fegyver,ami ha bevetésre kerül,helyreállithatatlanul megváltoztatja a moderkori háboruk arculatát.Magasabb erők,a pletykáknak engedve felkérték a FOX HOUND nevü speciális egységet,hogy foglalkozzon a problémával,és szerezzen be minél több információt,ami kapcsolatba hozható a titkos szuperfegyverrel.

A kérésnek eleget téve a Fox Hound elküldte egyik legjobb ügynökét GREY FOX-t,akinek feladata,hogy belopakodjon Outher Heaven-be.Küldetésének kódja "Intrude N313 ".Grey Fox hat nappal később eltűntnek lett nyilvánitva.Utolsó üzenete két szó " METAL GEAR ".Legjobb ügynöke elvesztése,és a különösen rövid üzenet következménye képpen,a Fox Hound vezetője,BIG BOSS elküld egy másik ügynököt,hogy deritse ki mi történt Grey Fox-al,és mit rejt a különös üzenet.Az új ügynöknek ez az első komoly küldetése,hiszen meg új a csapatban.Bizonyitania kell hogy megismerjék a nevét,ami nem más mint: SOLID SNAKE.Bejut Outher Heaven-be,és kapcsolatot teremt az ellenállas(La Resistance)egy kis csoportjával,név szerint Schneider,Dianna és Jennifer-el.Végül is hála újdonsült barátainak,Snake megtalálja Fox-t,aki elmondja neki,hogy a Metal Gear valójában egy Hi-Tech Ultra Mobil tank,nuklearis rakétákkal felfegyverezve.Ez a szuperfegyver képes a föld bármely országa ellen atomtámadást inditani,igy elég negy riadalmat kelthet a szuperhatalmakban(főleg az USA-ban).Solid Snake megmenti Dr.Ragnar Petrovich-t,aki a Metal Gear projektet vezető tudós,és akiről kiderül,nem önszántából tart a zsoldosokkal,hanem mert leányát,Ellen-t elrabolták.

A doktor felfedi Snake-nek a Metal Gear elpusztitásának modját,aki folytatja útját az erődben.Közben számtalan csapda,és különleges esemény keresztezi útját,mintha csak valaki kivülről irányitaná az eseményeket.Ráadásul Schneider fogságba kerül.Végül is a minusz századik szinten megtalálja a Metal Geart,és hála tudásának és ügyességének megsemmisiti azt.A meglepetések viszont itt még nem érnek véget számára.Menekülése közben rájön,hogy az Outer Heaven zsoldosainak vezére,és a Fox Hound vezetője egy és ugyanaz a személy:BIG BOSS!Ő irányitotta az eseményeket az elejétől fogva.Miközben a Fox Hound vezetője volt,régi kapcsolatai segitségével megalapitotta saját egységét is.Ide mentette a zsoldossággal megkeresett pénzét.Majd végül megépitette Outher Heavent a szupererődöt.Snake-et azért küldte oda,hogy az USA-t megtévessze,csak nem gondolta volna,hogy egy zöldfülü ilyen messzire jut(pedig ha tudta volna amit mi...).Miközben az erődöt felrobbantó bombaszerkezet visszaszámláloja ketyeg,Big Boss megtámadja Snake-et,mert úgy véli túl sokat tud.Hősünk viszont győzedelmeskedik,és bár sebekkel tarkitva,de egy lerombolt Metal Gear-el,egy felegetett Outher Heavennel,és egy haldokló Big Bossal a háta mögött távozik.