1997.A nukleáris szuperhatalmak,hála az USA és Oroszország diplomáciai közeledésének leszerelik atomfegyvereiknagy részét.Ezekben az időkben történik,hogy egy kis nemzet,minek neve ZANZIBAR LAND(Oroszorszag,Kina,és néhány Arab ország szomszédságában)létrehoz egy katonai diktatúrát.Lakosai túlnyomórészt zsoldosok,akik támadásokat intéznek a világ több országában lévő nukleáris támaszpontok ellen,és ellopnak jo pár atomrakétát.Ezeknek az akcióknak a hatására Zanzibar Land a világ legnagyobb atomfegyverekkel ellátott nemzete lesz.Az ország valódi fenyegetéssé válik. 1999-ben járunk.Az előrejelzések ellenére,amik már harminc éve jelezték,a világ energetikai krizisbe kerül.Elfogy az olaj.A hordonkénti ár az egekbe szökik,és a világ gazdasági egyensúlya az összeomlás szélén áll.Hogy segitsen ezen a veszélyen,egy Cseh tudós,bizonyos KIO MARV feltalál egy anyagot minek neve:OILIX.Ez egy bizonyos algábol géntechnológiaval kivont szer,ami ugyanazokkal a képességekkel bir mint a nyersolaj,csak sokkal olcsobb,és ami a fontosabb rengeteg van belőle.Gondolhatjátok,a tudóst elrabolja egy Zanzibari kommandó.Birtokukban az atomfegyverekkel,valamint az Oilix-al,kikiáltják magukat a világ urává.Vajon ki tudná megmenteni a helyzetet,bejutni az országba es megmenteni Dr.Marv-ot?


A Fox Hound új parancsnoka ROY CAMPBELL behivja legjobb katonáját Solid Snak-et (aki Kanadában tölti nyugdiját) hogy foglalkozzon ezzel a delikát helyzettel.Segitséget is kap egy C.I.A hölgy képében,akit HORRY-nak hivnak.Vele tart még NATASHA aki Dr.Marv testőre,és a Cseh titkosrendőrség tagja.Az ő segitségével Snake belopakodik a Zanzibari fő katonai bázisra,és rátalál Dr.Petrovich-ra,aki(ugye emlékeztek)az első Metal Geart is készitette.Most újfent elrabolták,hogy gyártson egy új Metal Geart.Snake megmenti a doktort,aki Natashával épp átkel egy hidon,mikor is rakétatámadás éri őket.A Cseh titkosrendőrség gyászolhatja egy tagját,ugyanis Natasha eltűnik a robbanásban.Ekkor Snake egy ismerős hangot hall " Snake,hallgass rám,jó haverok vagyunk.Megkimélem az életed ha eltűnsz innen! " Olybá tűnik nem egyedül Big Boss volt áruló a Fox Hound tagjai közül,mivel Snake felismeri Gray Fox-t,(akit négy évvel ezelőtt küldtek Outher Heaven-be,és mellesleg hősünk barátja?)az új Metal Gear irányitópultja mögött.Solid-ot viszont nem olyan fából faragták,aki egy ilyen kis csekélységre abbahagyja feladatát,és továbbhalad,hogy megmentse Dr.Marv-ot,és az újból elfogott Dr.Petrovich-t.Sajnos későn érkezik,és Petrovich mellett már csak az elhunyt Marv-ot találja.Petrovich elmondja hogy Marv szive nem birta a kinzást.Közben viszont Horry üzen,aki kideritette hogy Petrovich valójában önként jelentkezett Zanzibarba,és ő szervezte meg Marv elrablását,és megkinzását is.Solid Snake nem tűrhet meg árulokat maga körül,és rövid úton végez a köpönyegforgató tudóssal(9mm in the head).Megszerzi az Oilix-et ekképpen biztositva a világ új energiaforrását.Kifele jövet összefut Gray Fox-al,és legyőzi az új Metal Geart is. Legnagyobb megdöbbenésére szembetalálkozik Big Bossal is, akiről mindenki azt hitte meghalt a négy évvel ezelőtti eseményeket követően.Egyszer és mindenkorra végez vele,majd Horry-val együtt helikopteren elhagyja Zanzibar Land-t.Újból visszavonul,ezúttal a hósivatagos Alaszkába.