A várva várt béke,aminek a Zanzibari esemenyek után kellett volna bekövetkezni,és egy új világ nukleáris fenyegetettség nélkül,természetesen nem következett be.2005-re a fegyverkezési verseny addig soha nem látott mértékben megnőtt.Egy,a SHADOW MOSES szigeteken lévő Amerikai katonai támaszpont egy terrorista csoport hatalmába került.Ez a csoport a Fox Hound régi tagjaiból alakult,aminek valamikor Solid Snake is tagja volt.A szigeten tartozkodik az ARMS TECH(Kenneth Baker),a,és a D.A.R..P.A (Donald Anderson)igazgatója is,akik szintén a kommando fogságába kerültek.A terroristák követelése egyszerű.Big Boss maradványait akarják,akinek tetemét az USA ,Zanzibar-ból szerezte meg,hogy génkisérleteket végezhessenek rajta. Ha követelésük nem teljesül 24 óra alatt,akkor atomtámadást inditanak egy Amerikai nagyváros ellen.Az élet ismétli önmagát.Roy Campbell megkéri Snake-et,hogy menjen Shadow Moses-re,mentse meg a túszokat,és szerelje le a nukleáris rakétákat.Snake megtudja,hogy a terrorbrigád vezére egy bizonyos LIQUID SNAKE ,egy ügynök aki ugyanazzal a kódnévvel,és ami hihetetlen ugyanazon fizikummal rendelkezik mint ő.Liquid csoportja specialistákból áll:REVOLVER OCELOT alias "SHALASASKA" a kinzás nagymestere.PSYCHO MANTIS a telekinézis birtokosa.Az őserő VULCAN RAVEN.A halálos SNIPER WOLF,valamint DECOY OCTOPUS,aki tiz beszélt nyelvvel,és bármilyen emberi hangot utánzó képességgel rendelkezik.Liquid katonái génmanipulált szuper harcosok akiket Pcycho Mantis irányit gondolatátvitellel.Ezen dolgok tudatában a lehetőség hogy megszerezhetik Big Boss " A Legendás Katona " maradványait megengedhetetlen.

A foglyokat megtalálva Snake megtudja hogy a sziget valójában egy laboratórium ahol egy vadonatúj Metal Gear készül aminek kódneve REX.Snake küldetése tehát megsemmisiteni a Metal Gear Rex-t.Útja során találkozik néhány érdekes szereplővel pl:MERYL SILVERBURGH aki Roy Campbell leánya,és HAL EMMERICH alias "OTACON " aki a Metal Gear Rex projekt vezetője.Megtámadja őt egy titokzatos ninja,akiről kiderül hogy valójában Gray Fox,aki Zanzibarban meghalt(ezekszerint mégsem),és Snake árulásáért akar bosszútállni.Solid végez a terrorcsoport vezetőivel és megküzd a Metal Gear Rex-el.Közben újból feltünik a Ninja(Gray Fox)aki feláldozza magát Snake-ért,akit még mindig barátjának tart.A végső konfrontáció elkerülhetetlen.Solid és Liquid Snake megküzd az elpusztult Metal Gear Rex árnyékában.Liquid elárulja Snake-nek a szörnyű igazságot ami szerint,ők ketten testvérek és egy genetikai kisérletből származnak melynek neve " LES ENFANTS TERRIBLES (A Borzalmas Gyermekek).Tudósok által lettek létrehozva Big Boss "a tökéletes katona" DNS-éből.Snake nem igyazán akarja elfogadni ezt a "mesét" ,kiderül hogy testébe egy vírus van ami megöi Liquidet, tulajdonképpen csak azért küldték oda hogy találkozzon Liquiddel, és megfertőzze ezzel a vírussal.Liquid meghal, Snakera érthetetlen módon eddig nem hat a vírus pedig DNS-ük megegyezik. A vírus neve FOX DIE. Snake és a sebesült Meryl elmennek a szigetről egy motoros szánnal. Ocelot,aki egyetlen túlélője Shadow Mosesnek(csak egyik karja veszett el)üzen az USA elnökének.Ugy tűnik Shalasaska kettős ügynök,az elnök pedig SOLIDUS SNAKE egy harmadik gyümölcse a "Les Enfants Terribles" projektnek.