2005 - Shadow Moses. A legnagyobb csendben a titokzatos PATRIOTS megalkotja az USA új vezetését.Az Amerikai elniök GEORGE SEARS fellázad ez ellen a csoport ellen,igy kegyvesztett lesz.Sears alias SOLIDUS SNAKE megbizza jobbkezét Revolver Ocelotot,aki Liquidet manipulálja hogy rabolja el a Metal Gear Rex-t.A Patriots,RICHARD AMES-t jelöli ki az ellentámadás vezetésére,ő NATASHA ROMANENKO volt férje,aki benne van a terrorakcióban.Ames szerepe,hogy behálózza Solid Snaket,és Otacont,akik nem is sejtik hogy a Patriots-nak dolgoznak.Liquid meghal,Ocelot pedig hiányzó keze helyére beépiti Liquid kezét.Shalasaska eladja a világ vezető országainak a Metal Gear tervrajzait.Solid Snake és Otacon megalapitja a PHILANHTROPY nevu szervezetet,ami a Metal Gear-ek ellen küzd.Snake győzelme Shadow Mosesen nem szerepelt a Patriots tervei között,és ezt a csorbát két évvel később probáljak kiköszörülni.


2007 - A Tanker. Solid Snake küldetése,hogy meggyőződjön a Metal Gear meglétéről,és lefotózva azt közzé tegyék a médiákban.Igy próbálják meg a világ figyelmét felhivni a fenyegető veszélyre,és megtudni kicsit tobbet a Patriots-rol.A Philanhtopy két alapitója még mindig nem tudja mi a szerepe a Patriots-nak.Az információ,hogy a Metal Gear RAY-t egy tankhajóval szállitják,valoszinüleg Otacon féltestvérétől EMMA EMERICH (E.E ) -től származik.A valóságban viszont Revolver Ocelot áll az üzenet mögött.A Metal Gear Ray a MARINE (Tengerészgyalogság)titkos fegyvere kellene hogy legyen,azonban a Patriots-nak más tervei vannak.Elküldik tehát Shalasaskat hogy szerezze meg ezt a fenomenális fegyvert.SERGEI GURLUKOVICH és leánya OLGA,aki terhes,csak matrionett bábuk a Patriots kezében.Egy elektromágneses szerkezet,amit a Patriots adott Ocelot-nak védi őt a gépfegyvergolyóktol amikor a tengerészgyalogosok,és az Oroszok rátámadnak.Viszont nem tud ellenállni Liquid kezének amely tudatára ébred,ha testvére Solid Snake a közelében van.Végül is Ocelot megszerzi a Metal Gear Ray-t,és a tankhajo elsűllyed.A fotográfikus bizonyitékok alátámasztják hogy Solid Snake a helyszinen tartózkodott,és ő a felelős a tankhajó elsullyedéséért.Igy a hires hősből terrorista lesz.Ocelot utolso üzenete" Minden rendben Elnök úr" nem főnökének Solidusnak szól(aki ugye Sears néven az USA elnöke volt,és a Shadow Moses utan leváltották),hanem az új elnöknek JAMES JOHNSON -nak,aki szintén a Patriots-nak dolgozik.A hely ahol a tankhajó elsüllyed,miiméternyi pontossággal ki van számolva a Patriots által.Ez az a hely ahol a BIG SHELL-t épiteni akarják.Ráadásul a kiömlött olaj biztonságot nyújt az ARSENAL GEAR elrejtésére.A Patriots elkesziti az S3 tervet.A DEAD CELL feloszlik.Emma (E.E ) az Arsenal Gear-en kezd dolgozni.ROSE-t pedig megbizzák RAIDEN megfigyelésével.Az események a Big Shell-en csak két év múlva fognak bekövetkezni,de a forgatókönyvet már megirta a Patriots.

2009 - The Big Shell. A hiresztelésekkel ellentétbe Raiden küldetése messze nem az első.Ő ugyanis a hires gyerek-katona,másnéven JACK "a hasfelmetsző " akit maga Solidus Snake képzett ki.Mégis,a vérében lévo nanoszerkezet segitségével a Patriots eltüntette az emlékeit.Küldetésének célja,hogy leszámoljon a THE SONS OF LIBERTY (a szabadság fiai) nevü szervezettel,akik hatalmukba keritették a Big Shell-t,és felrobbantják azt,ha nem kapnak 30 milliárd dollárt.Solidus Snake a Sons of Liberty vezetője.Csapata a Dead Cell-ből ,Revolver Ocelot-ból,valamint azon zsoldosokból áll,akik Olga Gurlukovich alá vannak rendelve.Solidus a Patriots-nak akar visszavágni,és nem is sejti hogy legfőbb embere Revolver Ocelot a Patriots-nak dolgozik,és manipulalja őt.A DeadCell két tagja FORTUNE (természetfeletti tudását magáénak hiszi,nem is sejtve,hogy ugyanaz a elektromagneses szerkezet van nála,mit Ocelot is használt a Tankeren két évvel ezelőtt.)és VAMP(az ő erejére viszont valóban nincs semmiféle racionális magyarázat) csatlakozik Solidushoz,mivel nekik is van rendezetlen számlájuk a Patriots-al.A harmadik Dead Cell tag FATMAN más tészta,őt nem érdeklik az ideológiák.Ő tanitoját PETER STILLMAN-t akarja megölni,és igy a világ legnagyobb robbantási szakemberévé válni.Ezeknek a szereplőknek a részvétele nem a véletlen szüleménye.Egy pontos terv részei ők,amit a Patriots tervelt ki,hogy szimulálhassák a Shadow Mosesen történteket.Az apa-fiu kapcsolat Raiden és Solidus között ugyanaz mint Solid Snake és a Legendás Big Boss között volt.A Dead Cell szerepe ugyanaz mint ami a Fox Hound-é a Shadow Mosesen.Fatman is egy probatétal Raiden számára,ha elbukik nem felel meg az S3 tervben előirt elvárásoknak.Fatman ebben a harcban emlitést tesz saját szerepére,utalván egy bizonyos csoportra.Azt hihetnénk,hogy a Dead Cell-re utal,pedig valojában a Patriots-rol szól mondanivalója.És mi lett volna Shadow Moses a titokzatos ninja nélkül.Raiden,Fatman legyőzése után találkozik először a ninja-val aki valójában Olga Gurlukovich,kinek gyermekét elrabolta a Patriots,és azonnal végeznek a gyermekkel ha Raiden meghal.Ezért mutatja meg arcát Raidennek egy pillanatra .Ezzel is bizonyitván a Patriots nak jó szándékát.Közben persze nem tudja,hogy Ocelot a Patriots embere.A két túsz halála is megegyezik a Shadow Mosesen torténtekkel.Az első áldozat ezúttal Richard Ames,aki a Patriots bábúja,és Johnson elnököt kell megfigyelnie,aki a tulságosa éhes a hatalomra(mint elődje Solidus).Ames azt hiszi hogy Raiden egy a Patriots által küldött bérgyilkos.Mégis a vérében cirkuláló nanoszerkezet miatt nem képes kimondani a Patriots szót,csak ennyit:LA-LI-LU-LE-LO.Ames meghal amikor a Patriots kikapcsolja peacmaker-ét a nanoszerkezet segitségével.Halála előtt rájön hogy Ocelot a Patriots-nak dolgozik.Johnson elnök a második áldozat,mint Baker a Shadow Mosesen.

Halála előtt feltárja az Arsenal Gear létezését,és a Patriots szerepét:Egy csoportot alkotnak 12 bölcs vezetésével,akik minden fontos döntés felett biráskodnak.Johnson a részét akarta a tortából,és a Metal Gear segitségével akart nyomást gyakorolni a Patriots-ra.Még elődjével Solidussal is kooperált,hogy tervei végére érjen.Túl későn értette meg,hogy ő is csak egy bábu volt a Patriots S3 tervében.Minden amit csinált a 12 bölcs által lett megtervezve.Arsenal gear egy mozgó erőd,tele szuper fegyverekkel,és az egész Amerikai hadsereg feletti irányitással(beleértve a nucleáris fegyvereket is).Védelmét egy flotta Metal Gear Ray képezi,melyeket sorozatban gyártanak.Arsenal Gear része még egy mesterséges intelligencia melynek neve GW.Johnson szerint ez a rendszer szűri a világ informatikai adatbázisát,és szűri az érzékeny adatokat.A Patriots fél az informáciok szabad áramlásátol.Ez a cenzúrázó rendszer(GW) hatalmuk egyik kulcsa.Az Arsenal Gear elpusztithatatlan.Mégis ,Johnson elmondja Raidennek,hogy van egy lézerlemez,ami a GW tönkretételére alkalmas.A lemez egy virust tartalmaz,hasonlót,mint Shadow Mosesen a Fox Die.A Patriots viszont megelőzte a virus használatát,mivel a GW feladata megszürni az adatáramlást, a virus eltöröl minden Patriots-ra való utalást.Emma Emerich(E.E)az egyetlen aki hozzáférhet a rendszerhez ,hogy bejuttasák a virust.Vamp halálosan megsebesiti E.E-t,aki testvére szeme láttára szenderül jobb létre.Snake és Olga találkoznak,amikor Raiden ,Emma-val van elfoglalva.Olga megtudja az igazságot apja halálárol,és Ocelot árulásáról.Összefognak Snake-el,hogy együtt harcoljanak az ellenséggel.Snake kihasználja hogy elfogják Raident(az ő közreműködésével),és feljut az Arsenal Gear-re.Solidus pedig kivallatja Raident,és rájön hogy a Patriots kitörölték az emlékezetét.Meghagyja fogadott fia életét,akit csalinak szándékozik használni,hogy megtudja ki a Patriots kém,aki a csapatában rejtőzik.Solidus megvan róla győződve hogy tudja mit jelent a S3 terv(Solid Snake Simulation).Ez egy kisérlet amivel megtudják,hogyan kell megteremteni a legjobb gyilkost.Amikor a virus amit a GW-be ültettek elkezd működni világossá válik,hogy Raiden ezredese nem létezik(ellentétben a Shadow Moses létező Roy Campbell ezredesével),csak egy program,beleültetve Raiden fejébe a nanoszerkezet segitségével.Nem sokkal később Raidennek egy egyenlőtlen küzdelemben kell résztvennie egy csapat Metal Gear Ray-el szemben.Olga feláldozza magát gyermeke életéért,amikor felfedi hogy ő a Patriots kéme(a valoságban tudjuk hogy az igazi kém Ocelot).Olgának azért kell meghalnia hogy Solidus,elbizakodottan hogy megtalálta a kémet,feltárja tervét a Patriots előtt.Egyetlen célja hogy megtalálja a12 nevet,amit a GW -bőlt próbált volna megszerezni.Fortune megprobálja hatalmába keriteni az Arsenal Geart,hogy megállitsa a Patriots ténykedését. Közben a virus végez a GW-vel,igy Solidusnak szüksége van Raiden-re hogy az ő nanoszerkezetéből tudhassa meg a 12 nevet.Ocelot bevallja hogy ő a Patriots jobb keze ,és az S3 terv célja hogy ugyanolyan képességekkel rendelkező katonákat gyártsanak mint Solid Snake,akinek valós jelenléte volt az egyetlen előrenemlátható tényező.A szimulácionak azonban vége.Ocelot mellbe lövi Fortune-t aki viszont nem hal meg,mert szive a jobb oldalon van.Ocelot elmondja neki,nincs semmiféle varázslat abban hogy eddig nem érték a golyók,csak egy elektromágneses szerkezet amit a Patriots működtetett,és amit most kikapcsoltak.Mégis amikor Ocelot a Metal Gear Ray segitségével bombazáport zúdit Solid,Solidus és Raiden fejére,Fortune hősies módon megmenti őket.Ez úgy lehetséges hogy a Patriots visszakapcsolja az elektomágneses szerkezetet,mert szükségük van Raiden-re.Snake,akit Fortune megbilincselt,most szabad,mivel egy kósza golyó eltalálja a bilincset.Hirtelen Liquid felülkerekedik Oceloton.Ő volt az aki elérte hogy testvére részt vegyen ebben az akcióban,hiszen csak Solid Snake közelében tudja átvenni a hatalmat Ocelot felett,mint két év előtt a Tankeren.Liquid úgy gondolja mindene megvan hogy harcot inditson a Patriots ellen.Az Arsenal Geart Manhattan-re irányitja,és eltűnik a tengerben egy Metal Gear Ray-el.Snake a Solidabb fajtából egy nyomkövetőt tesz a Metal Gear-re,hátha testvére megtalálja a Patriots-t,ámbár ,ebben nem nagyon hisz.Valóságban Snake-nél van az igazi cd,amin a GW adatai vannak,a 12 névvel egyetemben,Raidennek csak egy üres lemezt adott,elővigyázatosságból.Kiderül,hogy a 12 név egyike a Philanthropy egyik legnagyobb támogatója.Eddig úgy tűnt hogy Snake és Otacon az egyetlenek akik saját akaratukból cselekszenek.Az információ viszont ami a Big Shell-re vezette őket Liquid-től jött.Legfontosabb küldetésük a Metal Gear-ek elleni harc.Lehet hogy őket is a Patriots manipulálta.Ezeket a kérdéseket teszik fel maguknak,amikor megérkezik a legnagyobb,és legváratlanabb titok. A 12 ember,kiknek neve a Patriots-al egyenlő,már több mint száz éve halottak.

Federal Hall. Ez az a hely ahol 230 évvel ezelőtt George Washingtont megválasztották az egyesült államok elnökévé. Most Solidus és Raiden néznek egymással farkasszemet,kivont kardokkal,a végső összecsapásra készülődve. Eme szent helyen most Solidus akarja kikiáltani az U.S.A függetlenségét. Saját bevallása szerint,sohasem magának akarta a hatalmat,csupán a Patriots-t akarta raébreszteni hogy ismerjék el az egyéni jogokat és szabadságot,amely alapokra az Egyesült Államokat megalapitották. Szerinte a Patriots pont ezeket a jogokat tiporja sárba az elektronikus cenzura által. Minden várakozással ellentétben az Ezredes kapcsolatba lép Raidennel,annak ellenére,hogy a GW már nem működőképes.Olybá tűnik,hogy a Mesterséges Intelligencia más úton is működik. Az Ezredes felfedi Raidennek a Patriots titkát eme szavakkal: - Először is be kell vallanom hogy nem tudnám magunkat igazán embernek mondani.Az elmúlt kétszáz évben,tudatunk olyan mélyen kötődött az Egyesült Államokhoz,hogy lehetetlen minket elpusztitani.Addig élűnk amig a nemzet él.Az S3-nak semmi kőze Solid Snake-hez.Valójában,ez egy teszt,amivel kontrollálhatjuk az egyén akaratát,és cselekvő képességét.A küldetés amit Raiden átélt,eme teszt főpróbája.Shadow Moses azért lett kiválasztva,mivel a szituáció,nagyon nehéz,és különleges volt.Igazi embert probáló helyszin,legalkalmasabb a szimulációra.A Patriots,Raidennek köszönheti sikerét.Az ezredes elmondja Raidennek,hogy személyisége,cselkedetei,csak másodlagos dolgok.A legfontosabb hogy végig kontrollálni tudták az akaratát,es ezek szerint az emberiség akaratát is.Mai informatikált világunkban,ismeretlen eredetü informaciók születnek minden tizedmásodpercben.Ezek a hirek,pletykák,csak hátráltatják az emberiség fejlődését.Mi vagyunk az egyetlenek,akik meg tudják szűrni ezeket az információkat,és ezeket összerakva az igazságot a jövő embere elé tárni.Ezt hivjuk mi ugy,hogy értelmet adunk a dolgoknak.Eme szavakkal bucsuzik Snake Raidentől.A mi világunkban az abszolút igazság nem létezik.Ami a dolgokat megvátoztatja nem az hogy tudjuk-e az igazságot,vagy tévedünk.Ami számit,az a hitünk mélysége.Ne foglalkozz ezekkel a szavakkal... Találd meg mi van mögöttük,és dönts az életedről.