Hat évvel a Metal Gear Solid 3 eseményei után, Naked Snake korábbi csapata a FOX Unit, eltörölte a CIA-nak vallott hűségét és szélhámosok lettek. Snake maga is a FOX célpontjává vált, ami azt jelentette, hogy a FOX katonákat küldött rá hogy megtámadják és elfogják. A játék úgy kezdődik, hogy Snake-t vallatja és kínozza a FOX egyik embere, Lieutenant Cunningham aki próbálja kitalálni hogy hol van a Philosopher’s Legacy másik fele, az Amerikai Egyesült Államok kormányával, amely már megszerezte a Legacy másik felét az Operation Snake Eater eredményeképpen.  Snake-t bebörtönözték és a cellája éppen Roy Campbell cellája mellett van, aki az egyetlen túlélő a Green Beret csapatból, amit azért küldtek, hogy felderítsék a bázist. Roy elmondja Snake-nak, hogy San Hieronymo Peninsula-n vannak, egy elhagyott szovjet rakétasiló területén Kolumbiában.

Snake és csapata kiiktatja a FOX egység legfontosabb tagjait, majd végül útjuk Gene kis rejtekhelyére vezet. Snake sok dolgot tud meg az úton. Cunnigham a Pentagonnak dolgozott és azt akarta Snake-től, hogy hajszolja bele Gene-t egy nukleáris rakéta kilövésére, Oroszországra, hogy meghosszabbítsák a hidegháborút. Gene valójában óvatos volt ezzel a tervvel, egész idő alatt, tudjuk meg Ocelot-tól. Gene igazából Amerikára akart kilőni egy nukleáris rakétát, hogy megsemmisítse a Philosophers-t és létrehozza saját katonaállamát az „Army’s Heaven”-t.  Snake legyőz egy kísérleti modellt az ICBMG-ből (a Metal Gear modell) aminek a kódneve RAXA, és végül legyőzi Gene-t majd ez után megsemmisíti az ICBMG-t magát. Miután legyőzte Gene-t, ő Big Boss-nak adja a pénzügyi alapokat, a felszereléseket, az embereit és minden más információt az Army’s Heaven-t illetően, elmondja neki, hogy egy napon még használnia kell őket. Amint hazatér kitüntetik az akciójáért majd ezután megalapítja a FOXHOUND-ot. Ocelot megöli a DCI-t és ellopja a dokumentumokat, amik tartalmazzák a Philosophers személyazonosságát, hogy végezzen velük. A kreditek után Ocelot beszél egy ismeretlen emberrel telefonon. Ocelot arról beszél, hogy arra használja a Legacy-t, hogy megalapítsa a Patriots-t a Philosophers helyébe. Ocelot valójában akarta tudni a nukleáris rakéta röppályáját, hogy megmutassa a DCI-nek vagyis szerette volna elvinni a dokumentumokat egyenesen neki. Ocelot megkérte Big Boss-t, hogy csatlakozzon hozzájuk (hozzá és az emberhez a telefon másik végén) az ő új tervükben. A titokzatos ember, akinek a személyazonossága így szól: „ember ugyanazzal a kódnévvel, mint Null” lehetséges, hogy Major Zero a Metal Gear Solid 4:Guns of the Patriots-ben.

Forrás.Wikipédia            Fordította: Sági Péter